لون عين الطفل يتحكم فيه ثلاثة جينات وراثية، فلا يشترط أن يكون لون عين الأب والأم زرقاء مثلاً، وتكون عين لون الطفل زرقاء أيضاً، بل نتيجة لتعدد الجينات فيمكن أن يولد الطفل بلون عين مختلف، وفي الأغلب تكون لون عين الطفل عند الولادة ملونة، وبعد مرور فترة من الوقت يحدث التغيير في لون العين.
وذلك يرجع إلى انعدام الأصباغ التي تكون موجودة في قزحية العين، وتتكون هذه الأصباغ بعد مرور 90 يوماً من ولادة الطفل، ووقتها يتبين لنا لون عين الطفل الحقيقية، فربما يولد الطفل بلون عين خضراء، ثم بعد مرور 90 يوم تجد لون عين الطفل قد تغير إلى اللون البني، ونتيجة تعرض عين الطفل للضوء، تتغير لون العين، وتثبت على اللون الطبيعي لها بعد مرور فترة ولا يتغير بعدها، وحينها نكون قد تأكدنا من لون عين الطفل الحقيقي.
والقزحية توجد بها عضلة داخل حدقة العين، تتسع عند ارتفاع مستوى الضوء وتنكمش عند انخفاض مستوى الضوء، فهي تتحكم في مستوى الضوء حسب الحاجة، ونتيجة أتساع العضلة، تتغير عين لون الطفل، ويظن بعض الأباء والأمهات بأن لون العين الخضراء أو الزرقاء تكون ضعيفة ولا تستطيع التحديق عكس ألوان العين الأخرى، ولكن هذا اعتقاد خاطئ، ولكن الحقيقة أن قوة بصر عين الطفل بأي لون تكون قادرة على الإبصار بطريقة صحيحة.
وفي أغلب الأحوال تكون لون عين الطفل عند الولادة زرقاء أو بنية، ويعتقد وقتها الأبوين أن هذا هو لون عين الطفل، ولكن لايثبت هذا اللون على الدوام نتيجة لما أسلفنا ذكره في عدم وجود الأصباغ، وأيضاً نتيجة عدم اكتمال الناقلات العصبية للطفل، وقد تؤثر الجينات الوراثية للأب والأم على الطفل، وأيضاً ربما تتدخل الجينات الوراثية الخاصة بالأجداد أيضاً، وتلعب دور في تغيير لون عين الطفل.
ويبدأ تشكيل لون عين الجنين في بطن أمه بداية من الشهر الثالث إلى الشهر الثامن، وربما يتأخر ثبات اللون الطبيعي الأصلي لعين الطفل حتى بعد مرور السنة الأولى من ولادته، خاصة الأطفال أصحاب البشرة البيضاء، والتي تكون في الأغلب لون عينهم بعد الولادة أزرق أو رمادي، أما الأطفال أصحاب البشرة الغامقة فتكون لون أعينهم بعد الولادة بني، والتي غالباً ما تأخذ بعدها عند ثبات اللون الطبيعي اللون أسود.
ويعتقد البعض أن لون عين الطفل تكون نتيجة لخليط بين لون عين الأب ولون عين الأم، ولكن في الحقيقة أن كلاً من الأب والأم لديهم عدد أثنين من أزواج الجينات تتواجد على كل كروموسوم، لذا فالجينات تلعب دوراً في لون العين، وربما تلعب الجينات الوراثية أيضاً دوراً في ظهور بعض المشاكل في عين الطفل، الذي لابد عند اكتشاف أي منها الذهاب فوراً إلى الطبيب.
مثل: مشكلة في تحريك عين الطفل، مثل أن تتحرك واحدة والأخرى لا، أو عدم التفات نظر الطفل إلى الأضواء، وذلك بعد مرور شهر من ولادته، أو احمرار أعين الطفل لعدة أيام متتالية، أو أن الطفل لا يقوم بفتح عينه، أو التأثير الشديد من الضوء بدرجة غير طبيعية، أو ظهور إنتفاخات في إحدى أو كلا العينين.
وأخيراً توجد حالة نادرة الحدوث وهي اختلاف لون إحدى العينين عن الأخرى، وذلك نتيجة خلل في الصبغة الموجودة في قزحية العين، فإذا كانت الصبغة قليلة أو منعدمة، تصبح لون العين زرقاء، وإذا كانت كثيرة تصبح لون العين بنياً، وتؤثر أيضاً الجينات الوراثية على هذه الحالة النادرة الحدوث.